Tutorial menggunakan Hyperchem

Aplikasi Kimia 2015 HyperChem

HyperChem

Untitled 1

HyperChem merupakan software luncuran Hypercube. Inc. Software ini merupakan molecular modeling dimana memiliki tampilan 3D yang terbilang baik. Gambar diatas merupakan contoh tampilan grafis yang diperlihatkan menggunakan HyperChem. Aplikasi HyperChem ialah  suatu  program  simulasi  dan  pemodelan  molekular  yang  memungkinkan  perhitungan kimiawi  yang  kompleks. Program  HyperChem,  merupakan program kimia  aplikasi  32  bit,  yang  dikembangkan  oleh  HyperCube  Inc  untuk  system  operasi Windows  95/98  dan  Windows  NT.  HyperChem  merupakan  program  yang  handal  dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan  visualisasi  dan  animasi  tiga  dimensi  hasil  perhitungan  kimia  kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain. Hyperchem,  merupakan  tools  dasar  dalam  molecular  modeling.  Software ini  dapat digunakan  untuk  menggambar  struktur  kimia,  optimasi  geometri  dengan  berbagai  macam model, study molecular dinamik dasar, study QSAR, dll. Cara memperoleh aplikasi HyperChem ini dengan Download di website resmi HyperChem. Jika anda menggunakan Windows, maka klik link windows download maka aplikasi akan otomatis terdownload. Cara mengisntalnya yaitu klik hasil unduhan aplikasi HyperChem kemudian ikuti tatacara menginstalnya yang terdapat pada hasil unduhan aplikasi HyperChem tersebut.

Menu Toolbar yang terdapat dalam aplikasi HyperChem

Untitled 2Gambar di atas menjelaskan sedikit tentang apa yang ada di dalam HyperChem. Kegunan paling sedarhana dalam pemanfaatan software ini adalah menggambar suatu struktur senyawa secara 3D. Pada  penggambaran  senyawa,  menu  “Tool Icons”  merupakan  tool yang akan sering digunakan.  Mulai  dari  menggambar  atom,  memilih  salah  satu  atau semua jenis atom yang digambar, memutar secara 2D atau 3D struktur senyawa dan lain-lain.

Cara Mengoprasikan Aplikasi HyperChem

  1. Dengan menggunakan Windows, kita mulai dari klik Start, All program, HyperChem.
  2. Selanjutnya ikuti langkah pada gambar berikut.
  3. Ini hasilnya setelah dipilih atom P dan di klikkan pada area kerja.
  1. Berikutnya add hydrogen dari menu Build kemudian klik add hydrogen untuk memunculkan atom H, meskipun atom H tampilannya bertumpuk kita bias memutar dengan klik tool rotate out of plane sesuai langkah yang terterah pada gambar, cara menyeleksi atom H yang akan diganti dengan Cl adalah dengan klik tool select. 
  2. Selanjutnya ubah atom H dengan atom Cl hingga atom H menjadi Cl, caranya klik menu Build, Default Element (akan muncul semacam table periodic dan pilih Cl), klikkan tepat di tengah bulatan seleksi atom H tadi, kalau sudah berubah menjadi Cl artinya sudah terganti H menjadi Cl. Lakukan pada semua H sebagaimana yang diinginkan. 
  3. Lakukan optimasi geometri agar bentuk molekulnya menjadi benar secara kimia komputasi dengan standar hitungan dengan menggunakan salah satu metode, misalnya apabila menggunakan metode Molecular Mechanic. Klik menu Setup pada menu bar. Klik Molecular Mechanic hingga tercentang terus klik ok.
  4. Selanjutnya kita lakukan optimasi geomteri terhadap bentuk molekul yang kita buat. Klik menu Compute, KlikGeometry Optimation… dan klik Ok saja begitu menu pop-up muncul. Selanjutnya tunggu hingga proses optimasi selesai yang ditandai dengan Converged = YES. (ini ada pada bagian status bar, terletak dibagian bawah layar kerja. 
  5. Berikut kalau kita ingin menampilkan hasil dalam berbagai model, seperti yang ditawarkan pada menuDisplay, Rendering, pilih metode rendering yang kita. 
  6. Berikut tampilan bebapa hasil rendering :

    

HyperChem mencakup fungsi-fungsi berikut:

  • Membuat sketsa dwimatra (2D) molekul dari atom-atom penyusunnya, lalu mengubahnya menjadi model trimatra (3D) dengan HyperChem Model Builder.
  • Memilih residu-residu standar secara berurutan dari perpustakaan asam amino dan nukleotida HyperChem/Lite untuk membangun protein dan asam nukleat.
  • Membaca tipe atom dan koordinat molekular yang telah disimpan sebagai arsip HIN (masukan HyperChem yang dibuat sebelumnya) atau arsip ENT (mengambil dari sumber lain, yaitu Brookhaven Protein Data Bank/PDB)
  • Menata kembali molekul, misalnya dengan memutar atau menggesernya.
  • Mengubah kondisi tampilan, termasuk penampakan ruang, model molekul, dan label struktural.
  • Merancang dan melakukan perhitungan kimiawi, termasuk dinamika molekular.
  • Tersedia berbagai metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum (semiempiris atau ab initio). Perhitungan mekanika molekular menggunakan medan gaya MM+, AM-BER, BIO+, atau OPLS, sedangkan mekanika kuantum semiempiris meliputi extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZINDO/I, dan ZINDO/S.
  • Membuat grafik Excel dari hasil perhitungan kimiawi.

by khumairah.unej

Tinggalkan Balasan

Alamat surel Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *